村委会是否有权扣留部分征地补偿款，取决于款项性质及分配程序的合法性。根据《中华人民共和国土地管理法》规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有。这意味着村集体确实拥有对该笔费用的支配权，但这并不等同于可以随意按比例截留。
对于安置补助费，如果不需要统一安置，必须全额支付给被征地农户。对于地上附着物和青苗的补偿费，明确归所有者所有，即直接归属于承包土地的农民。这两类费用，村集体无权以任何理由扣留，否则构成侵权。
即便针对归集体所有的土地补偿费，村集体也不能擅自决定留存比例。《中华人民共和国村民委员会组织法》规定，涉及村民利益的重大事项，如征地补偿费的使用和分配方案，必须经村民会议讨论决定。未经民主程序，单方面决定扣留百分之二十属于程序违法。
民主决策过程必须公开透明，保留会议记录及签字文件。如果所谓的百分之二十留存未通过村民代表会议或村民大会表决，或者表决过程存在欺诈、胁迫情形，该决定无效。村民有权要求撤销该决定，并重新进行合法分配。
留存的资金必须用于规定的公共用途，如村内基础设施建设、公益事业或弥补集体亏损，严禁挪作他用或私分。财务收支情况应当定期公布，接受村民监督。如果发现资金去向不明，村民可向乡镇政府或县级农业农村主管部门举报。
司法实践中，法院会审查村规民约及分配方案是否违反法律强制性规定。如果留存比例过高导致村民生活困难，或违背了保障被征地农民生活水平不降低的原则，法院可能认定该比例不合理并予以调整。
农村承包土地被征用后的赔偿款并非单一整体，而是由多项费用组成，其归属主体各不相同。厘清各项费用的法律属性，是确定赔偿款归属的前提。《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国土地管理法》对此有明确界定。
土地补偿费是对集体土地所有权丧失的补偿，依法归农村集体经济组织所有。但这部分费用并非完全由村干部支配，大部分应通过分配方案发放给集体经济组织成员。具体分配比例由省级政府制定指导意见，并经村民会议决定。
安置补助费是为了保障被征地农民的生活来源和就业培训。如果需要统一安置，费用由安置单位管理使用。如果不需要统一安置，发放给被安置人员个人，或者征得本人同意后用于支付保险费用。在大多数家庭承包制下，这笔钱应直接归承包农户所有。
地上附着物及青苗补偿费，是对土地承包经营权人投入的直接补偿。谁投资、谁受益，这笔钱完全归承包土地的农户所有。村集体不得以任何名义提取管理费或手续费，侵占农户的这部分财产权益属于违法行为。
承包农户作为土地承包经营权的权利人，在土地被征收时享有独立的请求权。如果村集体克扣应发给农户的款项，农户可以以侵犯集体经济组织成员权益为由，向人民法院提起民事诉讼，要求返还被截留的补偿款。
地方政府在征地过程中负有监管职责，确保补偿费用足额到位、专款专用。《中华人民共和国土地管理法》强调，禁止侵占、挪用被征收土地单位的征地补偿费用和其他有关费用。违者将受到行政处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。